در راستاي تحقق طرح تحول و نوآوري در آموزش علوم پزشکي و آمایش آموزش عالی بخش سلامت کشور، دبيرخانه ستاد تحول آموزش و آمايش سرزمينی کلان‌منطقه9 (شامل دانشگاه‎های علوم پزشکی بیرجند، خراسان شمالی، سبزوار، گناباد، تربت حیدریه و دانشکده‌های علوم پزشکی نیشابور، اسفراین و تربت جام) از 1394/7/26 کار خود را در دانشگاه علوم پزشکي مشهد آغاز کرد.

به دنبال آن در تاریخ 1394/8/5 تفاهم‎ نامه ه‎ای بین معاون آموزشی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکي و رئيس دانشگاه علوم پزشکي مشهد به عنوان سرپرست دبيرخانه كلان منطقه9 منعقد شد.

براساس این تفاهم‌نامه، دبيرخانه ستاد تحول آموزش کلان‌منطقه9 به منظور اجرایی‌کردن مأموریت‌های واسپاری‌شده از سوی معاونت آموزشی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، فعالیت‌های خود را در قالب‌های زیر دنبال می‌کند:

• مأموریت‌های مشترک همه مناطق آمایشی؛ شامل (مرجعیت علمی، نسل سوم، آموزش پاسخگو، آمایش و توسعه راهبردی،  اخلاق، بین‌المللی‌سازی، آموزش مجازی، آزمون‌ها، اعتباربخشی، زیرساخت)

• مأموریت‌های ویژه گام اول کلان‌منطقه9 در راستای کسب مرجعیت علمی؛ شامل (توسعه دندانپزشکی و علوم مرتبط، توسعه دانش علوم اعصاب، توسعه و تعالی علوم تغذیه، امنیت و سلامت غذایی ، توسعه و تعالی فناوری های آموزشی، توسعه دانش طب تسکینی، توسعه دانش هنر و سلامت )

• مأموریت‌های ویژه گام دوم کلان‌منطقه9 در راستای کسب مرجعیت علمی؛ شامل (توسعه و تعالی علوم تغذیه، سلامت و امنیت غذایی، توسعه و تعالی علوم اعصاب، طب تسکینی، ﻓﻨﺎﻭﺭﯼ‌ﻫﺎﯼ ﺁﻣﻮﺯﺷﯽ، ژنتیک، طب سوزنی، فارماسویتیکس،پیوند کبد،پزشکی هسته ای، زیست فناوری دارویی، انفورماتیک پزشکی، شیمی دارویی، اخلاق بالینی، زیست نانو فناوری،توسعه دندانپزشکی و علوم مرتبط،توسعه دانش هنر و سلامت) 

    در سال 1401 با توجه به تاکید مقام معظم رهبری مبنی بر تولید دانش بنیان و اشتغال آفرین هم چنین سیاست گذاری و برنامه ریزی جهت نیل به  اهداف کلان وزارت بهداشت، "برنامه جامع عدالت، تعالی و بهره وری در آموزش علوم پزشکی" تدوین شد. هم چنین مطابق با بند الف ماده 5 قانون برنامه ششم توسعه، لازم است کلیه دستگاه های اجرایی فعالیت هایی نظام مند طراحی و اجرا نمایند که مستقیم یا غیر مستقیم منجر به ارتقای بهره وری بخش های اقتصادی شود.  در این برنامه 10 کارگروه های تخصصی به شرح ذیل اعلام و ابلاغ شدند:

• مرجعیت علمی و آینده نگری
• همگرایی در تعالی علوم و فناوری های پیشرفته
• اخلاق، سلامت معنوی و تعهد حرفه ای در اموزش علوم پزشکی
• پاسخگویی اجتماعی و عدالت آموزشی
• بین المللی سازی آموزش علوم پزشکی
• توسعه آموزش و فناوری های نوین ارتقای یادگیری
• نظام اعتبار بخشی ملی و تدوین استانداردهای اموزشی
• مدیریت جامع کیفیت در اموزش علوم پزشکی
• کارافرینی و کسب و کارهای دانش بنیان
• اقتصاد آموزش