در راستاي تحقق طرح تحول و نوآوري در آموزش علوم پزشکي و آمایش آموزش عالی بخش سلامت کشور، دبيرخانه ستاد تحول آموزش و آمايش سرزمينی کلان‌منطقه9 (شامل دانشگاه‎های علوم پزشکی بیرجند، خراسان شمالی، سبزوار، گناباد، تربت حیدریه و دانشکده‌های علوم پزشکی نیشابور، اسفراین و تربت جام) از 26/7/94 کار خود را در دانشگاه علوم پزشکي مشهد آغاز کرد.

به دنبال آن در تاريخ5/8/۹۴ تفاهم‎نامه‎ای بین معاون آموزشی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکي و رئيس دانشگاه علوم پزشکي مشهد به عنوان سرپرست دبيرخانه كلان منطقه9 منعقد شد.

براساس این تفاهم‌نامه، دبيرخانه ستاد تحول آموزش کلان‌منطقه9 به منظور اجرایی‌کردن مأموریت‌های واسپاری‌شده از سوی معاونت آموزشی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، فعالیت‌های خود را در قالب‌های زیر دنبال می‌کند:

• مأموریت‌های مشترک همه مناطق آمایشی؛ شامل (مرجعیت علمی، نسل سوم، آموزش پاسخگو، توسعه راهبردی، آمایش، اخلاق، بین‌المللی‌سازی، آموزش مجازی، آزمون‌ها، اعتباربخشی، زیرساخت)
• مأموریت‌های ویژه کلان‌منطقه9 در راستای کسب مرجعیت علمی؛ شامل (تغذیه، امنیت و سلامت غذایی، دندانپزشکی، اعصاب، طب تسکینی، هنر و سلامت، ﻓﻨﺎﻭﺭﯼ‌ﻫﺎﯼ ﺁﻣﻮﺯﺷﯽ)

براي هر مأموریت، يک کارگروه متشکل از اعضاي  هيئت علمي، کارشناسان و رابطان دانشگاه‌های کلان‌منطقه، زير نظر دبيرخانه ستاد، تشکیل و مشغول فعالیت می‌باشد.