در طول 5 سال گذشته از شروع اجرای طرح تحول در آموزش، با مساعدت مسئولین محترم دانشگاه اعم از ریاست دانشگاه،دبیران، اعضای کارگروه ها و کارکنان درگیر در طرح در راستای راهبردهای وزارت در جهت اجرایی نمودن بسته های طرح تحول آموزش، در بسیاری از بسته ها پیشرفت های قابل ملاحظه ای در حد شاخص های بین المللی در توسعه دانش علوم اعصاب، تغذیه و امنیت غذایی و بین المللی سازی و در حد شاخص های ملی در 7 کارگروه ماموریت ویژه در این کلان منطقه حاصل گردیده است و در سایر بسته ها نیز، به فعالیت های منسجم امور منجر شده است. لازم به ذکر است كسب رتبه اول برنامه عملیاتی و طرح راد (4 ساله) در سال 1399، کسب رتبه‌های برتر در خروجی‌های تأثیرگذار دانشگاه، تدوین سند نیروی انسانی کلان منطقه ٩ آمایشی کشور تا افق 1408، جمع آوری گزارش کارگروه های ویژه (معاونت های درمان ، دارو ، بهداشت ، پرستاری ، توسعه و پژوهشی ) از اهم اقدامات و خروجی های این دبیرخانه بوده است.  

 رتبه‌های برتر در خروجی‌های تأثیرگذار دانشگاه:

• كسب رتبه اول آموزش کلان مناطق در طرح راد(4 ساله)

• کسب رتبه اول در در بُعد اخلاق مداری پزشکی و اخلاق حرفه ای

• کسب رتبه برتردر بعد پاسخگویی به جامعه

• کسب رتبه سوم در بُعد بین‌الملل

• کسب رتبه‌های برتر در ابعاد مختلف از جمله حوزه عملکردی، آموزش مجازی و کار آفرینی

• کسب رتبه‌های برتر در خروجی‌های تأثیرگذار شامل دانشگاه در بعد همگرایی، دانشگاه مرجع و پیشتاز با رهیافت همگرایی علوم،زیرساخت، ماموریت گرایی، توسعه راهبردی و مرجعیت علمی

• کسب مقام دوم دانشگاه علوم پزشکی بیرجند در مراکز استان غیر قطب